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      植物通用(被子開花植物)rRNA去除試劑盒

      簡要描述:riboPOOL適合任意物種的核糖體RNA去除方案,適合任意物種,去除效率高且效果穩定,廣泛應用于RNA-seq、芯片、ribo-seq(ribosome profiling)等領域,在歐洲廣受好評。

      • 產品型號:
      • 廠商性質:代理商
      • 更新時間:2022-04-19
      • 訪  問  量:481

      詳細介紹

      品牌其他品牌供貨周期一個月
      應用領域生物產業,農業

        植物通用(被子開花植物)rRNA去除試劑盒

        RNA測序是一種高度準確且靈敏的轉錄組追蹤工具。然而,一些豐度很高的RNA種類卻影響了NGS文庫制備,浪費了寶貴的測序資源。

        在提取到的總RNA中,核糖體RNA(rRNA)占95%左右,mRNA占2-3%,還有2-3%是非編碼RNA,如Long non-coding RNA、tRNA、microRNA等。所以,在RNA測序的過程當中,首先要解決的問題,是如何去除核糖體RNA(rRNA)。

        riboPOOL是來自德國的核糖體RNA去除產品,能夠高效去除與研究無關的RNA,讓研究人員更高效地利用測序資源。

        Pan-Plant riboPOOL植物通用型核糖體RNA去除試劑盒,通用高效去除開花植物(被子植物)核糖體RNA.

        1、高效的rRNA去除試劑

        2、廣泛覆蓋開花植物

        3、適合葉片、種子和根等各種組織部位

        4、可去除28S, 18S, 5.8S & 5S rRNAü

        5、可去除線粒體 rRNA

        6、可去除質體rRNA(包括葉綠體)

        7、高豐度的核糖體 RNA (rRNA)限制了轉錄組測序中目的RNA的檢測。植物通用型 riboPOOL 為您提供特異性去除開花植物rRNA的通用解決方案,適合葉片、種子和根等各種組織部位,可去除細胞質(28S、18S、5.8S和5S)、質體和線粒體rRNA。

        植物通用型 riboPOOL覆蓋物種廣泛

        植物通用型 riboPOOL由生物素標記的DNA探針組成,可以覆蓋開花植物的主要門類。

        植物通用型 riboPOOL 可去除的植物物種包括30多個目(見下圖)

         常見物種,如下:

        水稻、麻瘋樹、大豆、土豆 、棉花、咖啡、胡蘿卜、洋薊、橄欖、擬南芥、玉米、翠菊、小麥、蘋果、橙子、蕎麥及其他。

       

        如果您感興趣的物種不屬于這些門類,請咨詢我們的定制型 riboPOOL產品。

        植物通用型 riboPOOL的測試結果不同門類中rRNA去除效率都很高;

        植物通用型核糖體RNA去除試劑的β測試(客戶測試)結果如下:開花植物的去除效率大于91%,測試物種為被子植物的蝶形花科、刺蓮花科、蕓苔屬和薔薇科的六種植物。值得注意的是,原始藻類綠藻在測試中的rRNA去除效率為80%,表明植物通用型riboPOOL可以應用于被子植物以外的植物門類。


      測試數據由馬克斯·普朗克基因組中心的Dr. Bruno Huettel和Dr. Christian Wöhle提供。用QIAgen RNeasy提取總RNA(1 μg,RIN ~8),用Pan-Plant riboPOOL法去除rRNA,然后用RNA XPClean (Beckman Coulter)純化。分別使用NEB試劑盒(modified)和Illumina HiSeq3000進行文庫制備和測序。

      更多信息:

      • 無酶去除法
      • 非Poly-A捕獲
      • 實驗時間約70分鐘
      • 適宜的RNA起始量為100 ng - 3 μg
      • 與各種RNA純化方法和RNA建庫試劑盒兼容
      • 可以與其他物種的RiboPOOL混合使用,用于組成復雜的樣本。例如:植物通用型與原核通用型riboPOOL混合使用,可用于植物微生物群研究。

      植物通用(被子開花植物)rRNA去除試劑盒產品形式:

         rRNA去除試劑盒適用于快速提取植物組織RNA,使用獨特的裂解液迅速裂解細胞和滅活細胞RNA酶,然后用乙醇調節結合條件后,RNA在高離序鹽狀態下選擇性吸附于離心柱內硅基質膜,DNase直接在柱上消化殘留DNA,再通過一系列快速的漂洗-離心的步驟,去蛋白液和漂洗液將細胞代謝物,蛋白等雜質去除,最后低鹽的RNasefreeH20將純凈RNA從硅基質膜上洗脫。

        rRNA去除試劑盒使用注意事項:
        1、所有的離心步驟均可在室溫完成,使用可容納五十ml離心管的離心機。
        2、需要自備乙醇,一次性注射器(可選),研缽。
        3、裂解液RLT和裂解液RLTPlus和去蛋白液RW1中含有刺激性化合物,操作時要戴乳膠手套,避免沾染皮膚,眼睛和衣服。若沾染皮膚、眼睛時,需要用大量清水或者生理鹽水沖洗。
        4、植物組織裂解是否充分直接影響到RNA提取的質量和產量,本試劑盒中提供的裂解液RLT,主要成分為異硫氰酸胍,適用于大多數植物組織的裂解,但有些植物組織(例如玉米的乳白色胚乳)或絲狀真菌,由于次級代謝產物較特殊,異硫氰酸胍使樣品產生固化,導致RNA無法提取,此時可以向我們索取另一種裂解液RLC,將解決該問題。

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